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  • 21硬核投研丨第四代高通量納米孔測序儀開機(jī)成本再降, 國產(chǎn)基因測序打開更廣闊空間-環(huán)球新要聞
    2023-05-31 11:47:06 來源:21世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道 編輯:

    21 世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道記者 楊坪 深圳報(bào)道

    國產(chǎn)基因測序儀再現(xiàn)新突破。

    近日,21 世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道記者獲悉,國內(nèi)第四代基因測序技術(shù)“獨(dú)角獸”安序源對外發(fā)布了第四代高通量納米孔基因測序儀(AXP100-RS),其開機(jī)成本低至百元級,拉開了測序行業(yè)低成本長讀長發(fā)展的序幕。


    (相關(guān)資料圖)

    安序源產(chǎn)品總監(jiān)涂浩波指出,該產(chǎn)品在保持長讀長、高通量和高精準(zhǔn)度的情況下,兼具超低成本的關(guān)鍵在于公司獨(dú)有的、基于CMOS工藝的大通量芯片,“我們目前已經(jīng)推出了全球唯一量產(chǎn)的12英寸納米孔測序晶圓,這款芯片進(jìn)入了穩(wěn)定量產(chǎn)的階段,單張芯片的數(shù)據(jù)產(chǎn)出可達(dá)100Gb,單張芯片成本遠(yuǎn)低于100美金,測序成本低至0.3 美元/Gb?!?/p>

    值得一提的是,目前主流的第二代基因測序儀廠商中,以代表性的高通量儀器來看,Illumina每張芯片價(jià)格在一萬美金以上,華大智造(688114.SH)的也在數(shù)千美金。

    在部分市場人士看來,隨著第四代基因測序儀技術(shù)進(jìn)一步成熟,有望補(bǔ)足第二代測序儀讀長短、流程復(fù)雜、儀器體積大等短板,擴(kuò)大測序技術(shù)的應(yīng)用規(guī)模,并依托較低的成本進(jìn)一步下沉到基層市場。

    基因測序技術(shù)“四代同堂”

    基因作為生命科學(xué)“中心法則”的底層代碼,近年來,基因測序產(chǎn)業(yè)鏈中游和下游的需求持續(xù)增長,上游的基因測序儀成為生命科學(xué)領(lǐng)域中最炙手可熱的工具之一。

    目前,主流的基因測序技術(shù)“四代同堂”,并行存在,每種測序技術(shù)各有所長,但又各有短板。從近年的科研突破和下游應(yīng)用需求來看,長讀長測序是行業(yè)趨勢,受限于成本高企的影響,長讀長技術(shù)應(yīng)用占比仍然較小。

    第一代測序?yàn)镾anger法,其特點(diǎn)是具備較長讀長和較高準(zhǔn)確率,但通量低、成本高,難以滿足現(xiàn)代生信分析模型對于數(shù)據(jù)體量的要求。

    第二代測序(NGS),全球測序儀的霸主Illumina,以高通量、高準(zhǔn)確性的技術(shù)特點(diǎn)快速進(jìn)入市場,并推動基因測序成本的快速下降,以相對成本優(yōu)勢占據(jù)了壟斷地位十余年,在基因測序從高精尖的科研服務(wù)滲透進(jìn)臨床應(yīng)用的過程中發(fā)揮了舉足輕重的作用。

    目前,全球市場普遍以二代基因測序技術(shù)(NGS)為主流,占據(jù)接近80%的市場份額。國內(nèi)企業(yè)華大智造(688114.SH)通過收購CG公司獲取了測序儀核心專利技術(shù),也攻破測序儀的國產(chǎn)難題。

    不過,二代基因測序儀也并非萬能,它的讀長短、流程較為復(fù)雜、操作難度大等問題,無法覆蓋更廣泛臨床場景下復(fù)雜樣本的測序需求。

    “雖然第二代測序技術(shù)較第一代成本大幅下降,但要在臨床端大規(guī)模應(yīng)用,成本仍然很高。首先是測序儀器普遍在40-70萬美元,一個全基因組測序至少需要2000-5000美元。然后是時(shí)間成本,第二代測序技術(shù)依賴基因樣品的擴(kuò)增過程,大量的洗脫過程既增加成本和樣品制備的時(shí)間,也容易出現(xiàn)錯誤累積;三是讀長,第二代測序技術(shù)普遍讀長為150-400bp(堿基對),無法滿足更高的科研需要?!比A南一家生命科學(xué)領(lǐng)域第三方服務(wù)機(jī)構(gòu)合伙人對本報(bào)記者指出。

    因此,近年來,以單分子熒光測序和單分子納米孔測序?yàn)樵淼娜退拇鷾y序技術(shù),憑借超長讀長、靈活便捷等特點(diǎn)在近年來受到了市場廣泛關(guān)注。

    第三代測序技術(shù)的頭牌企業(yè)Pacific Biosciences(以下簡稱“Pacbio”),已在美國納斯達(dá)克上市,一種基于零模波導(dǎo)的單分子實(shí)時(shí)測序方法,準(zhǔn)確率較高的長讀長測序技術(shù),但測序價(jià)格高企,應(yīng)用范圍受限。

    第四代測序技術(shù)則稱為納米孔測序,是基于電信號測序的技術(shù),可根據(jù)電流信號識別每條核酸分子上的堿基信息,從而實(shí)現(xiàn)對單鏈核酸分子的測序。

    “第四代測序儀的最主要優(yōu)勢是可以實(shí)現(xiàn)超高讀長,讀長可以達(dá)到10kb 到數(shù)百kb(千堿基對),并且不需要洗脫和PCR 擴(kuò)增,直接測序并且實(shí)時(shí)獲取序列信息,設(shè)備成本比較低。”前述第三方服務(wù)機(jī)構(gòu)合伙人進(jìn)一步指出。

    海外市場上,早在 2014 年,羅氏便收購第四代測序技術(shù)公司 Genia,Illumina也緊盯長讀長測序技術(shù),欲補(bǔ)齊自身NGS短板,曾投資全球納米孔測序龍頭Oxford Nanopore(牛津納米孔公司,以下簡稱“ONT”)。2021 年 9 月,ONT已成功在倫敦證券交易所上市,首日市值一度飆升至68億美元,不過該公司目前尚未盈利,預(yù)計(jì) 2026 年盈虧平衡。

    國內(nèi)市場上,各路資本也紛紛布局第四代測序技術(shù)。

    2023 年 3 月,A 股上市公司萬孚生物(300482.SZ)公告,擬以自有資金出資3000萬元投資北京普譯生物科技有限公司,后者專注于以生物納米孔為基礎(chǔ)的新一代核酸及其他生物聚合物測序儀與配套試劑耗材開發(fā)。

    萬孚生物在公告中指出:“納米孔測序技術(shù)有望從讀長,速度、表觀遺傳等方面,為腫瘤伴隨診斷與早篩、遺傳病與罕見病診斷、細(xì)胞與基因治療等臨床應(yīng)用場景帶來新突破?!?/p>

    “目前各家納米孔測序技術(shù)解決了長讀長的問題,在精度和成本方面仍然有待于突破??v觀歷史產(chǎn)業(yè)規(guī)律,測序技術(shù)的終局趨勢將是低成本的長讀長?!币幻Y深的第四代測序技術(shù)人士對記者表示。

    安序源破局

    盡管第四代基因測序技術(shù)發(fā)展尚處早期,但市場上也涌現(xiàn)出了部分頭部玩家。

    其中,相對成熟的單分子納米孔測序儀來自于ONT,2014年,ONT的首款商用設(shè)備MinION(便攜式測序儀)誕生,因“U盤式”、“超長讀長”、“實(shí)時(shí)結(jié)果”、 “按需測序”等優(yōu)點(diǎn)備受市場關(guān)注。此后ONT不斷擴(kuò)大產(chǎn)品線,推出了GridION、GridION X5臺式測序儀和高通量測序儀PromethION等不同類型尺寸的測序設(shè)備。

    不過,華大智造招股書認(rèn)為,“ONT的第四代納米測序儀雖然單分子測序技術(shù)相較于高通量測序技術(shù)的讀長更長,但是其單個堿基錯誤率在 1~10%左右,高于高通量測序技術(shù)”。

    2021 年 10 月,ONT 上市時(shí),其測序設(shè)備DNA/RNA數(shù)據(jù)的原始讀取準(zhǔn)確率已從2014 年80%提升至99.8%,但市場普遍認(rèn)為,第四代ONT 測序儀的準(zhǔn)確度仍有進(jìn)一步提升的空間。

    安序源產(chǎn)品總監(jiān)涂浩波向記者介紹,作為國內(nèi)第四代基因測序儀的代表公司,安序源技術(shù)路徑是CCS+納米孔單分子測序,融合了第三代Pacbio測序儀和第四代ONT測序儀的優(yōu)點(diǎn),基于納米孔芯片的小型化可移動單分子測序平臺,可以兼具高通量、長讀長、高精度、低成本的特性。

    “安序源第四代測序儀AXP 100-RS目前產(chǎn)出數(shù)據(jù)質(zhì)量良好,安序源的核心競爭優(yōu)勢主要有三點(diǎn):一是高密度芯片帶來的成本和通量優(yōu)勢,即成本更低且通量更大;二是采用環(huán)化測序技術(shù)后能帶來的準(zhǔn)確度顯著提升。此外,我們采用了交流電的形式,多維度進(jìn)行測量,信號清晰,是真正的單分子、單堿基測序。”涂浩波進(jìn)一步表示。

    此次發(fā)布的新品AXP100-RS測序儀,未來將在遺傳病、傳染病、癌癥等領(lǐng)域的應(yīng)用探索,安序源CEO田暉在本次產(chǎn)品發(fā)布會指出:“測序技術(shù)這幾十年來,碩果累累,市場巨大。但受限于開機(jī)成本和數(shù)據(jù)產(chǎn)出成本這些制約因素,測序應(yīng)用的領(lǐng)域仍然非常有限;即使在已開發(fā)的重點(diǎn)應(yīng)用領(lǐng)域中、例如腫瘤檢測,測序可以說還處于萌芽階段。”

    從測序上游廠商的業(yè)績,以及測序下游企業(yè)的應(yīng)用產(chǎn)品布局來看,目前整個測序行業(yè)的價(jià)格下降進(jìn)入了瓶頸期,需要新的革命性測序產(chǎn)品來引領(lǐng)行業(yè)方向。

    本報(bào)記者從安序源發(fā)布會現(xiàn)場了解到,公司最大的技術(shù)優(yōu)勢是在生物芯片,其基于量產(chǎn)大晶圓,能夠?qū)y序開機(jī)成本降低至百元級,單位數(shù)據(jù)產(chǎn)出成本也遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于NGS,未來還可以通過技術(shù)升級,進(jìn)一步降低測序成本。

    隨著測序價(jià)格的下降,將帶來下游應(yīng)用領(lǐng)域的極大擴(kuò)展。根據(jù)illumina在第41屆JP Morgan摩根大通醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)年會上發(fā)布的相關(guān)數(shù)據(jù),預(yù)計(jì)2027年,全球測序應(yīng)用總目標(biāo)市場將達(dá)1200億美金。

    “我們會以基因測序?yàn)殚_端,將更多硬科技注入體外診斷領(lǐng)域,打造大健康產(chǎn)業(yè)的IC+BT底層平臺。通過大規(guī)模量產(chǎn)工藝的價(jià)格優(yōu)勢,帶來觸手可及的萬物測序,打開認(rèn)知生命本源的新視野?!碧飼熣f道。

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