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  • 21硬核投研丨第四代高通量納米孔測(cè)序儀開機(jī)成本再降, 國(guó)產(chǎn)基因測(cè)序打開更廣闊空間-環(huán)球新要聞
    2023-05-31 11:47:06 來(lái)源:21世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道 編輯:

    21 世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道記者 楊坪 深圳報(bào)道

    國(guó)產(chǎn)基因測(cè)序儀再現(xiàn)新突破。

    近日,21 世紀(jì)經(jīng)濟(jì)報(bào)道記者獲悉,國(guó)內(nèi)第四代基因測(cè)序技術(shù)“獨(dú)角獸”安序源對(duì)外發(fā)布了第四代高通量納米孔基因測(cè)序儀(AXP100-RS),其開機(jī)成本低至百元級(jí),拉開了測(cè)序行業(yè)低成本長(zhǎng)讀長(zhǎng)發(fā)展的序幕。


    (相關(guān)資料圖)

    安序源產(chǎn)品總監(jiān)涂浩波指出,該產(chǎn)品在保持長(zhǎng)讀長(zhǎng)、高通量和高精準(zhǔn)度的情況下,兼具超低成本的關(guān)鍵在于公司獨(dú)有的、基于CMOS工藝的大通量芯片,“我們目前已經(jīng)推出了全球唯一量產(chǎn)的12英寸納米孔測(cè)序晶圓,這款芯片進(jìn)入了穩(wěn)定量產(chǎn)的階段,單張芯片的數(shù)據(jù)產(chǎn)出可達(dá)100Gb,單張芯片成本遠(yuǎn)低于100美金,測(cè)序成本低至0.3 美元/Gb。”

    值得一提的是,目前主流的第二代基因測(cè)序儀廠商中,以代表性的高通量?jī)x器來(lái)看,Illumina每張芯片價(jià)格在一萬(wàn)美金以上,華大智造(688114.SH)的也在數(shù)千美金。

    在部分市場(chǎng)人士看來(lái),隨著第四代基因測(cè)序儀技術(shù)進(jìn)一步成熟,有望補(bǔ)足第二代測(cè)序儀讀長(zhǎng)短、流程復(fù)雜、儀器體積大等短板,擴(kuò)大測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用規(guī)模,并依托較低的成本進(jìn)一步下沉到基層市場(chǎng)。

    基因測(cè)序技術(shù)“四代同堂”

    基因作為生命科學(xué)“中心法則”的底層代碼,近年來(lái),基因測(cè)序產(chǎn)業(yè)鏈中游和下游的需求持續(xù)增長(zhǎng),上游的基因測(cè)序儀成為生命科學(xué)領(lǐng)域中最炙手可熱的工具之一。

    目前,主流的基因測(cè)序技術(shù)“四代同堂”,并行存在,每種測(cè)序技術(shù)各有所長(zhǎng),但又各有短板。從近年的科研突破和下游應(yīng)用需求來(lái)看,長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序是行業(yè)趨勢(shì),受限于成本高企的影響,長(zhǎng)讀長(zhǎng)技術(shù)應(yīng)用占比仍然較小。

    第一代測(cè)序?yàn)镾anger法,其特點(diǎn)是具備較長(zhǎng)讀長(zhǎng)和較高準(zhǔn)確率,但通量低、成本高,難以滿足現(xiàn)代生信分析模型對(duì)于數(shù)據(jù)體量的要求。

    第二代測(cè)序(NGS),全球測(cè)序儀的霸主Illumina,以高通量、高準(zhǔn)確性的技術(shù)特點(diǎn)快速進(jìn)入市場(chǎng),并推動(dòng)基因測(cè)序成本的快速下降,以相對(duì)成本優(yōu)勢(shì)占據(jù)了壟斷地位十余年,在基因測(cè)序從高精尖的科研服務(wù)滲透進(jìn)臨床應(yīng)用的過(guò)程中發(fā)揮了舉足輕重的作用。

    目前,全球市場(chǎng)普遍以二代基因測(cè)序技術(shù)(NGS)為主流,占據(jù)接近80%的市場(chǎng)份額。國(guó)內(nèi)企業(yè)華大智造(688114.SH)通過(guò)收購(gòu)CG公司獲取了測(cè)序儀核心專利技術(shù),也攻破測(cè)序儀的國(guó)產(chǎn)難題。

    不過(guò),二代基因測(cè)序儀也并非萬(wàn)能,它的讀長(zhǎng)短、流程較為復(fù)雜、操作難度大等問(wèn)題,無(wú)法覆蓋更廣泛臨床場(chǎng)景下復(fù)雜樣本的測(cè)序需求。

    “雖然第二代測(cè)序技術(shù)較第一代成本大幅下降,但要在臨床端大規(guī)模應(yīng)用,成本仍然很高。首先是測(cè)序儀器普遍在40-70萬(wàn)美元,一個(gè)全基因組測(cè)序至少需要2000-5000美元。然后是時(shí)間成本,第二代測(cè)序技術(shù)依賴基因樣品的擴(kuò)增過(guò)程,大量的洗脫過(guò)程既增加成本和樣品制備的時(shí)間,也容易出現(xiàn)錯(cuò)誤累積;三是讀長(zhǎng),第二代測(cè)序技術(shù)普遍讀長(zhǎng)為150-400bp(堿基對(duì)),無(wú)法滿足更高的科研需要?!比A南一家生命科學(xué)領(lǐng)域第三方服務(wù)機(jī)構(gòu)合伙人對(duì)本報(bào)記者指出。

    因此,近年來(lái),以單分子熒光測(cè)序和單分子納米孔測(cè)序?yàn)樵淼娜退拇鷾y(cè)序技術(shù),憑借超長(zhǎng)讀長(zhǎng)、靈活便捷等特點(diǎn)在近年來(lái)受到了市場(chǎng)廣泛關(guān)注。

    第三代測(cè)序技術(shù)的頭牌企業(yè)Pacific Biosciences(以下簡(jiǎn)稱“Pacbio”),已在美國(guó)納斯達(dá)克上市,一種基于零模波導(dǎo)的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序方法,準(zhǔn)確率較高的長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù),但測(cè)序價(jià)格高企,應(yīng)用范圍受限。

    第四代測(cè)序技術(shù)則稱為納米孔測(cè)序,是基于電信號(hào)測(cè)序的技術(shù),可根據(jù)電流信號(hào)識(shí)別每條核酸分子上的堿基信息,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)單鏈核酸分子的測(cè)序。

    “第四代測(cè)序儀的最主要優(yōu)勢(shì)是可以實(shí)現(xiàn)超高讀長(zhǎng),讀長(zhǎng)可以達(dá)到10kb 到數(shù)百kb(千堿基對(duì)),并且不需要洗脫和PCR 擴(kuò)增,直接測(cè)序并且實(shí)時(shí)獲取序列信息,設(shè)備成本比較低。”前述第三方服務(wù)機(jī)構(gòu)合伙人進(jìn)一步指出。

    海外市場(chǎng)上,早在 2014 年,羅氏便收購(gòu)第四代測(cè)序技術(shù)公司 Genia,Illumina也緊盯長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù),欲補(bǔ)齊自身NGS短板,曾投資全球納米孔測(cè)序龍頭Oxford Nanopore(牛津納米孔公司,以下簡(jiǎn)稱“ONT”)。2021 年 9 月,ONT已成功在倫敦證券交易所上市,首日市值一度飆升至68億美元,不過(guò)該公司目前尚未盈利,預(yù)計(jì) 2026 年盈虧平衡。

    國(guó)內(nèi)市場(chǎng)上,各路資本也紛紛布局第四代測(cè)序技術(shù)。

    2023 年 3 月,A 股上市公司萬(wàn)孚生物(300482.SZ)公告,擬以自有資金出資3000萬(wàn)元投資北京普譯生物科技有限公司,后者專注于以生物納米孔為基礎(chǔ)的新一代核酸及其他生物聚合物測(cè)序儀與配套試劑耗材開發(fā)。

    萬(wàn)孚生物在公告中指出:“納米孔測(cè)序技術(shù)有望從讀長(zhǎng),速度、表觀遺傳等方面,為腫瘤伴隨診斷與早篩、遺傳病與罕見病診斷、細(xì)胞與基因治療等臨床應(yīng)用場(chǎng)景帶來(lái)新突破?!?/p>

    “目前各家納米孔測(cè)序技術(shù)解決了長(zhǎng)讀長(zhǎng)的問(wèn)題,在精度和成本方面仍然有待于突破。縱觀歷史產(chǎn)業(yè)規(guī)律,測(cè)序技術(shù)的終局趨勢(shì)將是低成本的長(zhǎng)讀長(zhǎng)。”一名資深的第四代測(cè)序技術(shù)人士對(duì)記者表示。

    安序源破局

    盡管第四代基因測(cè)序技術(shù)發(fā)展尚處早期,但市場(chǎng)上也涌現(xiàn)出了部分頭部玩家。

    其中,相對(duì)成熟的單分子納米孔測(cè)序儀來(lái)自于ONT,2014年,ONT的首款商用設(shè)備MinION(便攜式測(cè)序儀)誕生,因“U盤式”、“超長(zhǎng)讀長(zhǎng)”、“實(shí)時(shí)結(jié)果”、 “按需測(cè)序”等優(yōu)點(diǎn)備受市場(chǎng)關(guān)注。此后ONT不斷擴(kuò)大產(chǎn)品線,推出了GridION、GridION X5臺(tái)式測(cè)序儀和高通量測(cè)序儀PromethION等不同類型尺寸的測(cè)序設(shè)備。

    不過(guò),華大智造招股書認(rèn)為,“ONT的第四代納米測(cè)序儀雖然單分子測(cè)序技術(shù)相較于高通量測(cè)序技術(shù)的讀長(zhǎng)更長(zhǎng),但是其單個(gè)堿基錯(cuò)誤率在 1~10%左右,高于高通量測(cè)序技術(shù)”。

    2021 年 10 月,ONT 上市時(shí),其測(cè)序設(shè)備DNA/RNA數(shù)據(jù)的原始讀取準(zhǔn)確率已從2014 年80%提升至99.8%,但市場(chǎng)普遍認(rèn)為,第四代ONT 測(cè)序儀的準(zhǔn)確度仍有進(jìn)一步提升的空間。

    安序源產(chǎn)品總監(jiān)涂浩波向記者介紹,作為國(guó)內(nèi)第四代基因測(cè)序儀的代表公司,安序源技術(shù)路徑是CCS+納米孔單分子測(cè)序,融合了第三代Pacbio測(cè)序儀和第四代ONT測(cè)序儀的優(yōu)點(diǎn),基于納米孔芯片的小型化可移動(dòng)單分子測(cè)序平臺(tái),可以兼具高通量、長(zhǎng)讀長(zhǎng)、高精度、低成本的特性。

    “安序源第四代測(cè)序儀AXP 100-RS目前產(chǎn)出數(shù)據(jù)質(zhì)量良好,安序源的核心競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)主要有三點(diǎn):一是高密度芯片帶來(lái)的成本和通量?jī)?yōu)勢(shì),即成本更低且通量更大;二是采用環(huán)化測(cè)序技術(shù)后能帶來(lái)的準(zhǔn)確度顯著提升。此外,我們采用了交流電的形式,多維度進(jìn)行測(cè)量,信號(hào)清晰,是真正的單分子、單堿基測(cè)序?!蓖亢撇ㄟM(jìn)一步表示。

    此次發(fā)布的新品AXP100-RS測(cè)序儀,未來(lái)將在遺傳病、傳染病、癌癥等領(lǐng)域的應(yīng)用探索,安序源CEO田暉在本次產(chǎn)品發(fā)布會(huì)指出:“測(cè)序技術(shù)這幾十年來(lái),碩果累累,市場(chǎng)巨大。但受限于開機(jī)成本和數(shù)據(jù)產(chǎn)出成本這些制約因素,測(cè)序應(yīng)用的領(lǐng)域仍然非常有限;即使在已開發(fā)的重點(diǎn)應(yīng)用領(lǐng)域中、例如腫瘤檢測(cè),測(cè)序可以說(shuō)還處于萌芽階段。”

    從測(cè)序上游廠商的業(yè)績(jī),以及測(cè)序下游企業(yè)的應(yīng)用產(chǎn)品布局來(lái)看,目前整個(gè)測(cè)序行業(yè)的價(jià)格下降進(jìn)入了瓶頸期,需要新的革命性測(cè)序產(chǎn)品來(lái)引領(lǐng)行業(yè)方向。

    本報(bào)記者從安序源發(fā)布會(huì)現(xiàn)場(chǎng)了解到,公司最大的技術(shù)優(yōu)勢(shì)是在生物芯片,其基于量產(chǎn)大晶圓,能夠?qū)y(cè)序開機(jī)成本降低至百元級(jí),單位數(shù)據(jù)產(chǎn)出成本也遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于NGS,未來(lái)還可以通過(guò)技術(shù)升級(jí),進(jìn)一步降低測(cè)序成本。

    隨著測(cè)序價(jià)格的下降,將帶來(lái)下游應(yīng)用領(lǐng)域的極大擴(kuò)展。根據(jù)illumina在第41屆JP Morgan摩根大通醫(yī)療健康產(chǎn)業(yè)年會(huì)上發(fā)布的相關(guān)數(shù)據(jù),預(yù)計(jì)2027年,全球測(cè)序應(yīng)用總目標(biāo)市場(chǎng)將達(dá)1200億美金。

    “我們會(huì)以基因測(cè)序?yàn)殚_端,將更多硬科技注入體外診斷領(lǐng)域,打造大健康產(chǎn)業(yè)的IC+BT底層平臺(tái)。通過(guò)大規(guī)模量產(chǎn)工藝的價(jià)格優(yōu)勢(shì),帶來(lái)觸手可及的萬(wàn)物測(cè)序,打開認(rèn)知生命本源的新視野。”田暉說(shuō)道。

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